Die Hauptinsel ist in der Mittel des Archipels, das ihren Namen trägt. Seine Form ist leicht dreickig mit folgenden Eckpunkten: im Süden Punta Tegge und die Brücke zu Caprera, im Norden Punta Marginetto. Die Ortschaft mit fast 12000 Einwohnern befindet sich im Süden, entlang der Küste und bis ca. zwei Kilometer ins Landesinnere. Die Altstadt liegt zwischen der Bucht Cala Gavetta, dem heutigen Yachthafen, dem Platz Piazza Umberto I – besser bekannt als Piazza Comando – und den vielen kleinen Sträßchen dahinter. Die Küste entlang, rund um die Insel, verläuft die Panoramastraße, über die die meisten Buchten und Strände erreicht werden können.

Der Ursprung des Namens La Maddalena, ist bis heute nicht sicher, wird jedoch mit der Legende der erlösten Sünderin, die in den Evangelien steht, in Verbindung gebracht. Einige Quellen behaupten, sie habe mit einem Wunder die Prinzessin von Marseille vor dem sicheren Tod gerettet, als diese auf der Überfahrt nach Rom bei der Geburt ihres Kindes starb und auf der Insel beerdigt worden war; andere wiederum vermuten, dass der Name von einer Statue der Heiligen herrührt, die in der Bucht Cala Gavetta gefunden wurde, nachdem der Westwind sie an Land gebracht hatte.